O ISEP voltou a ser reconhecido pela qualidade da sua investigação, com dois dos seus centros avaliados com a classificação de excelente. 

Os centros são o Centro de Investigação em Sistemas Computacionais Embebidos e de Tempo-real (CISTER) e o Grupo de Investigação em Engenharia e Computação Inteligente para a Inovação e o Desenvolvimento (GECAD). Os critérios de avaliação da FCT analisam, fundamentalmente, três aspetos: o mérito da equipa de investigadores, impacto nacional e internacional das atividades desenvolvidas e a adequação dos objetivos, estratégia e organização.

O CISTER centra a sua atividade de investigação nos sistemas embebidos de tempo real; redes de sensores sem fios; novos paradigmas de programação com menor complexidade e mais robustos; sistemas operativos de tempo-real; computação cooperativa e qualidade do serviço; gestão de energia e sistemas ciberfísicos. O grupo tem desenvolvido atividade de investigação de elevado impacto nos últimos anos e tem realizado parcerias com empresas de referência mundial.

O GECAD desenvolve projetos nas áreas das redes elétricas inteligentes (smart grids) e mercados de energia, internet of things, sistemas ciberfísicos, cidades inteligentes, otimização, gestão do conhecimento e sistemas de apoio à decisão. Tendo como missão a realização e promoção de investigação científica para o desenvolvimento e evolução dos sistemas inteligentes em engenharia e noutros domínios, tendo desenvolvido também parecerias com empresas de referência a nível mundial.

O ISEP tem 6 centros de investigação reconhecidos pela FCT que investigam em diferentes áreas de aplicação da engenharia. Desta avaliação resulta a atribuição de uma classificação que determina o volume de financiamento plurianual.